台南市綜合農產品批發市場初創於日據時代，前身為中央市場，民國39年交由台南市農會經營，在國華街經營。因原場地不敷使用，民國55年5月自建1800坪市場於逢甲路(現西門路一路)繼續經營，期間於安南區購置20公頃土地籌劃興建現代化「台南市綜合農產品批發市場」，於民國79年7月13日遷場啟用至今。

臺南市花卉批發市場由臺南市政府輔導、臺南市臺南地區農會經營，市場全名為「台南市綜合農產品批發市場」，佔地面積20公頃，經營業務有青果類、蔬菜類、花卉類、家禽類批發及零批交易等業務，屬消費地型態批發市場；其中花卉拍賣，104年度交易量約為1,235萬把，交易金額約為6億6千809萬元，交易量僅次於臺北及彰化花卉批發市場，列居全臺第三(全臺目前有五個花卉批發市場，分別為臺北、臺中、彰化、臺南及高雄)。